Le jeu se déroule après la mort d'Hitler, comme mentionné ci-dessus, juste au moment où les Alliés commencent à se conforter dans l'idée qu'ils ont gagné et que la guerre est, enfin, terminée. Cependant, la rumeur s'est répandue qu'Hitler avait un plan pour cela, ou du moins que ses derniers acolytes et partisans en avaient un, et le projet, dont le nom de code est "Projet Phoenix", est en cours pour désigner le successeur d'Hitler - qui, vraisemblablement, poursuivra ses plans infâmes de domination du monde par les Aryens. Le principal protagoniste du jeu est le maléfique Heinrich Freisinger, qui est censé être basé sur le méchant Heinrich Muller, qui dirigeait la Gestapo pour le Reich, faisant preuve d'un dévouement effroyable à sa carrière et apparemment guidé par l'ambition plutôt que par l'idéologie... Bien que Hitler ait, en fait, eu un successeur choisi, il s'agissait d'une nomination politique, et non, comme ce jeu le laisse entendre, le successeur spirituel de ses plans. Cela montre que la franchise Call of Duty est sur le point d'épuiser les possibilités des faits historiques purs et se rapproche de plus en plus de la frontière entre les faits historiques et la fiction pure, comme cela a déjà été exploré dans certaines "lignes temporelles alternatives" apparues dans d'autres jeux de la série. Vous incarnerez l'un des quatre agents spéciaux - ce qui indique la naissance des équipes de spec ops - en parcourant plus de vingt cartes dans les différentes zones. Vous en saurez plus sur les troupes d'opérations spéciales ci-dessous.