Le joueur prend le personnage de Jack Cooper. Jack a longtemps eu l'ambition d'être un Titan Pilot et a été formé en cachette par son mentor. Lorsque son mentor est tué dans les premières minutes de la partie, c'est à Jack de faire équipe avec le Titan du mentor, un géant appelé BT-7274, avec qui il a de bonnes relations. Dans ses derniers instants, le mentor passe le contrôle du Titan à Cooper, avec la responsabilité de poursuivre sa mission : rencontrer un autre groupe de soldats et les aider à recueillir des renseignements sur l'arme ultime de l'ennemi : un dispositif destructeur de planète appelé le dispositif Fold. Ils sont horrifiés d'apprendre que l'arme est sur le point d'être achevée et qu'il ne manque qu'une source d'énergie. Ils découvrent qu'une source aussi puissante existe, sous la forme d'une chose appelée "l'Arche". Jack et BT doivent travailler ensemble pour empêcher les méchants de s'emparer de l'Arche, et doivent éviter que l’on mette la main dessus pour empêcher l'activation de ce dispositif : quoi qu'il arrive. Réussiront-ils à atteindre leurs objectifs ? Vous seul pouvez découvrir la vérité !